在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染之后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及功能，有专属交通

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗

被召唤到异世界的相马一也，继承了艾尔孚利登王国的王位。他镇压了三公大臣的叛乱，重建了王国的政治和财政，击退了阿米多尼亚公国入侵。　　现在，他面临着新的问题。失去了阿米多尼亚首都拜恩的皇太子尤里悟斯，向